최초의 사이드와인더인 AIM-9B는 시커를 따로 냉각하지 않고 그냥 씀. 이 방식은 냉각 관련으로 아무 것도 신경쓸 게 없다는 점에서 간단하기는 하지만 적외선 호밍 방식의 특성상 시커 온도가 낮으면 낮을수록 적외선에 더 민감하게 반응하기 때문에 그 뒤에 나온 개량형들은 시커를 냉각시키는 기능이 추가됨

미 공군은 AIM-9E부터 AIM-9J까지 펠티어 효과를 이용하는 열전 냉각 방식을 사용했고, 해군은 AIM-9D부터 발사대에 내장되어 있는 액체 질소를 냉각에 사용함. 이 차이점 때문에 당시 공군과 해군 사이드와인더는 호환이 제대로 되지 않았고, 이건 공군 내부에서 AIM-9E의 처참한 성능에 불만이 터져나오는 와중에도 AIM-9G를 도입하지 못하는 원인 중 하나가 됨

1978년에 전력화된 AIM-9L은 AIM-9B 이래 최초로 미 해군과 미 공군이 공동으로 운용하는 미사일이 되었지만 냉각 방식에는 여전히 미묘한 차이점이 있었음

기본적으로 AIM-9L 자체가 AIM-9H를 한층 발전시킨 미사일이기 때문에 해군은 AIM-9D/G/H에 이어 AIM-9L/M에서도 LAU-7 발사대에 저장되는 액체 질소를 엄빌리컬 케이블을 통해 끌어와서 시커를 냉각하는 방식을 계속 사용했음

반면 미 공군 AIM-9L/M은 유도/제어장치 부분의 TMU-72/B 냉각제 탱크에 들어있는 아르곤 가스로 냉각을 함. 이 냉각제 탱크는 해군에게는 굳이 필요하지 않았지만 공군이 쓰던 사이드와인더용 발사대는 전부 열전 냉각 방식의 미사일들을 위한 거라 냉각제를 미사일에 공급하는 기능이 없었기 때문에 호환성 문제를 최소화하기 위해 필요에 따라 사용할 수 있도록 설계한 결과물임. 그 덕분에 미 공군은 LAU-114같은 기존 발사대에서도 AIM-9L을 쓸 수 있었음

AIM-9X부터는 스털링 기관의 원리를 이용하는 극저온 냉각기(cryoengine)를 사용하면서 외부에서 매번 냉각제를 미사일로 공급할 필요가 없어졌고, 냉각 시간 자체도 월등하게 길어지면서 해군과 공군 모두 같은 냉각 방식을 사용하게 됨

한편 미 해군은 사이드와인더 자체와는 별개로 발사대에 일일이 냉각제를 주입하는 것 자체가 번거로운데다가 항공모함 갑판에서 수행하기에는 다소 위험한 작업이었다는 점에서 항상 골칫거리로 여겼고, 그 때문에 1994년부터 사이드와인더 발사대에 압축공기를 사용하는 냉각장치인 HIPPAG을 장착함. 이건 공기를 빨아들여서 작동하는 물건이기 때문에 냉각제를 소모하지 않아서 전력이 공급되는 동안에는 미사일을 무한정 냉각할 수 있다는 장점이 있음