여행자는 나루카미섬 콘다 마을의 한 여우 신상 앞에서 '하나치루사토'라는 무녀를 만난다.

번개의 벚나무는 사악한 기운을 물리치고 지맥을 정화하지만, 현재 나무 뿌리가 오염되어 시들 수 있어 정화 의식이 필요하다고 한다.

여행자는 주술 도구를 이용해 결계를 풀고 오염된 나무 뿌리 5군데를 정화하기로 한다.

사실 하나치루사토는 호재궁이 죽은 뒤 남은 사념이 오물의 형태로 태어난 것이다.

그녀 또한 오물이기 때문에 신성한 벚나무 대액막이를 하면 사라질 운명.

그러나 호재궁이 지키고자 한 사람들이 대대손손 잘 지내고 있기에, 기쁜 마음으로 사라지면서 여우 가면만을 남긴다.

[대액막이 퀘스트를 깼다면 누구나 가지고 있는 '하나치루사토'의 가면.]

여행자가 우연히 발견한 수첩에 따라 나루카미 다이샤에서 겐토 링고에게 점괘 풀이를 부탁하면, 적 처치를 부탁받는다.

이를 며칠 간 반복하면 싸가지 없던 겐토 링고가 이상하게 귀여워진다.

나흘 째가 되면 임무를 하던 도중 겐토 링고의 습격을 받고 납치 감금당한다. 

알고보니 겐토 링고의 진짜 이름은 '모모요'로, 카미사토 아야토 휘하의 종말번대의 일원이었다. 

모모요는 자신의 언니이자 동료인 모모카의 암호를 쓰는 여행자를 수상히 여겨 미행하던 중 우인단의 습격을 받아 죽은 것으로 위장하고 있었고, 그사이 다른 우인단이 겐토 링고인 척 위장하고 있었던 것이다. 

여행자는 우인단과 싸우기 위해 모모요와 협력하기로 한다.

이후 여행자는 우인단으로 위장하여 가짜 겐토 링고인 '류다치카·슈나이제브나(v2.6 이전: 류다히카/류도히카·시네츠브나)'를 추적한다. 

무녀 생활이 꿈 같았던 류다치카는 어떻게든 시간을 끌고자 했지만, '아를레키노'의 인정을 받고 싶었던 '레핀·슈나이제비치(v2.6 이전: 레핀·시네츠비치)'는, 와타츠미섬에 잠입해 독극물을 풀고 막부 측이라는 신분을 일부러 흘려 충돌을 유도할 것을 명령했다. 

류다치카는 본인도 고아면서 엄청난 고아를 만들어낼 작전을 지시한 레핀을 이해하지 못하고, 여행자의 편에 서게 된다.

모모요는 여행자의 요청으로 류다치카가 살해당한 것처럼 위장하려 하지만, 작전 도중 모모요가 우인단으로부터 발각되어 납치당한다. 

여행자가 모모요를 구조하지만, 모모요는 한쪽 눈을 잃는다.

다행히 레핀은 류다치카의 가짜 시체를 보고 스네즈나야로 돌아가지만, 류다치카는 너무 큰 폐를 끼쳤다고 생각해 이나즈마를 떠나려 한다.

하지만 여행자와 페이몬의 설득으로 류다치카는 '겐토 링고'로서 살아가게 된다. 

이후 여행자와 류다치카가 나루카미 다이샤로 갔을 땐 모모요는 이미 사라진 뒤였다.

[관련 스토리] 종말번대의 임무

군에 입영한 아들 '사이몬 지로'를 찾아달라는 의뢰를 받고 여행자는 사람을 찾으러 간다.

여행자는 진렌 섬에서 도적들에게 붙잡혀 있는 사이몬 지로를 발견하고 구해준다.

사이몬 지로는 보답으로 보물 창고로 인도해줄테니 창고를 여는 석판 5개를 찾게 한다.

하지만 석판이 5개 있다는 것은 거짓말이었고, 그 사이에 지로는 몰래 보물창고를 열러 간다.

그러다 도적떼, 보물사냥단, 우인단 선발대 등 이전에 지로에게 속았던 사람들이 몰려와서 사이몬 지로를 다시 가둔다.

[지로와의 첫 만남부터 지로를 놀리던 여행자와 페이몬의 안목이 옳았던 셈.]

적들을 물리치고 지로를 다시 구해준 뒤 보물창고로 가면, 보물은 보이지 않는다.

실망한 지로는 콘다 마을의 본가로 돌아가서 살게 된다.

이후 사이몬 지로의 아버지에게 그 보물창고는 원래 식량창고라는 설명을 들으며, 가문에 내려오는 검의 설계도면을 받는다.

[관련스토리] 농민의 보물, 아메노마 카게우치가타나

기억상실증에 걸려 아무 것도 기억하지 못하는 한 무인이 서 있다.

그 무인은 여행자와 싸우면서 조금씩 기억을 되찾는다.

쿠죠 병영의 막부 병사인 마츠다이라와 여러 단서를 통해 기억을 떠올리게 할 수 있다.

그의 이름은 '마사노리'로, 가난한 출신이었지만 대장에게 실력을 인정받아 승진했었다.

그러나 나즈치 해안의 전투에서 친구를 잃고 도망쳐와 기억을 모두 잃은 채로 있었던 것이다.

이후 마사노리는 친절하게 여행자의 샌드백이 되어준다.

[관련 스토리] 무사의 꿈

이와쿠라류는 현재까지 수 백년 동안 이어져 내려왔으며, 이와쿠라류의 현 종주는 '이와쿠라 코죠', 호는 '코우인(v2.1 이전: 코인)'이다.

이와쿠라 코죠는 도관을 폐쇄하고 현재는 쿠죠 병영에 속해있는 것으로 보인다.

하지만 보물상자에 미친 우리 여행자는 이와쿠라류의 제자들을 한명씩 찾아가 모조리 죽인 뒤 스승인 코죠에게 찾아간다.

코죠는 제자들의 치욕을 갚아주기 위해 여행자와 전투를 하지만 패한다.

'아라시'와 '토라에몬'은 원래 코죠의 제자였으나, 안수령에 지지한 스승과 대립하다가 어쩔 수 없이 파문당한 무사들이다.

그러나 스승과의 의리를 잊지 않던 그들은 복수를 위해 여행자와 전투하다 모두 죽는다.

이렇게 여행자는 이와쿠라류의 무사들을 모조리 죽여버려 멸문시킨 뒤, 무덤에 제자 7명의 칼을 꽂아버린다.

이후 연하궁에서 남은 이와쿠라 코죠의 검까지 찾아내 무덤에 꽂아버린다.

[관련 스토리] 금석극화의 가면/호교/일각/귀인, 절연의 기치, 비뢰의 고동, 아메노마 카게우치가타나, 안개를 가르는 회광, 꼭두각시 검귀, 이와쿠라 무예장, 하쿠엔의 길과 빛과 혈통

야시오리 섬의 오로바스 유해는 '재앙신'의 에너지를 내뿜는다.(방사능 같은거로 생각하면 됨)

이 '재앙신'의 에너지를 탄광에 활용할 수 있도록, 폰타인의 기술자들의 도움으로 '미카게 용광로'를 건설했다.(원자력 발전소 같은거로 생각하면 됨)

그런데 막부군과 저항군 간의 전쟁으로 미카게 용광로가 피해를 입으면서, 현재 재앙신의 에너지가 잘 제어가 되지 않는 상태이다.

그런데도 텐료 봉행은 늑장 대처를 하고 있어, 나루카미 다이샤의 무녀 '미유키'의 요청으로 이나즈마에 남아있는 유일한 폰타인 기술자인 '자비에'를 찾아간다.

용광로 주변에 응급처치로 쳐 둔 배리어마저 우인단들이 파괴하고, 재앙신의 코어를 차지하려 한다.

여행자와 자비에가 힘을 합쳐 우인단을 처리하고 데이터를 수집한 뒤 정화 장치를 설치하여 문제를 해결한다.

이후 자비에는 공적을 어느 정도 인정받아 나루카미섬에서 <제7의 무사>라는 '검진 활동 사진'(영화)를 찍는 것을 허락받는다.

[관련 스토리] 타타라 모노가타리, 다시 피어난 꽃, 제7의 무사

몬드 출신 저항군인 '네이슨'이 오로바스를 섬기는 과격파 저항군과 함께 오로바스의 잔혼을 진압하는 주술 도구를 파괴하고 봉인을 풀어 '재앙신'이 섬 전체에 퍼졌다.

히기 마을에는 다른 지역에서나 광갱에서 피난온 사람들이 모여 있었는데, 재앙신의 영향을 받은 사람들은 점차 병들고 미쳐갔다.

촌장인 '와시즈'는 마을 주민들의 상황을 기록하고 감실에 기도하는 등 문제를 해결하려 하지만, 점점 악화되기만 한다.

나중에는 와시즈마저 미쳐가면서 마을 주민들을 산제물로 바친다.

그러다 여행자를 발견한 와시즈는 정교한 보물상자에 마을 재산을 담아 여행자를 산제물로 유인하려다, 역으로 죽임을 당하게 된다.

떠돌이 의사인 '야스모토'는 이들을 치료하고자 했지만 별다른 방도가 없어 옆에서 관심을 가져주는 것 밖에 할 수 없었다.

야스모토는 여행자로부터 약재인 울림풀을 받아 치료약을 연구한다.

야스모토에 의하면, 약에는 재앙신의 에너지가 대량으로 있어 미친 사람들을 끌어들일 수 있다고 한다.

여행자의 도움으로 연구에 진전이 보이자 야스모토는 약의 모든 조제량을 시험해보다가 결국 사망한다.

키츠히코(쵸지의 어머니)가 특이하게 재앙신의 영향을 받고도 증상이 상대적으로 적어, 자신을 제물로 바치려는 와시즈를 피해 야스모토와 해적 키타카(=오니타카)의 도움을 받아 치료를 위해 수메르로 떠난다.

쵸지는 여행자로부터 수정 골수를 삥뜯어 무사히 히기 마을을 떠나 나루카미 섬에 도착한다.

[관련 스토리] 텅 빈 영혼, 떠돌이 의사의 오디세이, 오로바시유사, 분실된 문서, 해적의 일지, 삼천리의 기대, 삼천리의 시작점, 개봉한 편지

3-1)에서 언급했듯이, 네이슨이 쇼군의 주술도구를 파괴하여 '재앙신'이 야시오리 섬 전체에 퍼지면서, 천둥번개가 멈추지 않고 사람들이 미쳐가고 있는 상태.

히기마을의 공부인 '카지'의 요청으로 여행자는 3군데의 주술도구를 복구시킨다.

이후 라이덴이 오로바스와 싸울 때 파괴됐던 '무메이 요새'가 해수면 위로 떠오르는데, 이곳의 주술도구도 복구시킨다.

마침내 재앙신이 사라지면서 야시오리 섬의 날씨가 맑아지고 재앙신의 영향이 사라진다.

[카지는 재앙신을 물리친 공로를 인정받지 못했다고 한다.]

[관련 스토리] 오로바시유사

'이나바 큐조'는 라이덴 쇼군을 동경해 텐료 봉행에 입대했지만, 같은 민족끼리 죽이는 참상을 보고 버티지 못해 탈영해서 나즈치 해안의 난파선에서 숨어 지낸다.

그러다 인근의 해적들과 시비가 붙어 위기에 처한 상황에서 여행자가 구해준다.

여행자는 이나바 큐조의 요청으로 인근 해적을 모두 소탕한다.

이후 다시 가 보면 이나바는 쇼군을 배신한 죗값을 치르기 위해 해란귀와 싸우는 방식으로 자결을 택한다.

그녀의 아내는 남편의 죽음도 모른 채 전쟁이 끝난 후에도 하염없이 그를 기다리고 있다.

[관련 스토리] 무사의 숙명, 인간으로서의 조건