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새의 기원에 대한 본격적인 연구는 종의 기원이 출판된 직후부터 이뤄지기 시작되었다. 종의 기원이 출판된지 1년 후인 1860년에 시조새의 화석이 발견되었다. (다만 시조새라 명명된 깃털의 화석이 그때 발견되었다는 것이지, 우리가 흔히 아는 베를린 표본은 1870년대에 발견됨)

베를린 표본이 발견된 이후 생물학자 토머스 헉슬리는 시조새의 골격을 다양한 고대 파충류들의 골격과 비교했고, 그 결과 시조새가 콤프소그나투스라는 공룡과 유사한 골격을 지녔다는 사실을 도출해냈다. 이를 통해 헉슬리는 새가 공룡으로부터 진화했다고 주장했다. 그의 주장은 프란츠 놉스카(Franz Nopsca)를 포함한 많은 생물학자들에게 받아들여졌지만, 일부 학자들은 그러한 유사성이 수렴적인 진화 때문이라보고, 새가 공룡으로부터 진화했다는 가설에 반발했다. 


1926년 덴마크의 고생물학자였던 게르하르트 하일만은 그가 새의 기원과 진화에 대하여 연구한 내용을 담은 책 《새의 기원》을 출판하였다.

헉슬리와 마찬가지로 하일만은 시조새와 다른 조류들을 고대의 파충류들과 비교하였고 콤프소그나투스와 같은 수각류 공룡과 가장 비슷하다는 결론을 내렸다. 그러나 하일만은 새에게는 창사골이 존재하고, 보다 원시적인 파충류에서 창사골이 발견되었지만 공룡들에서는 발견되지 않았다면서(실제로 그런 건 아니고 걍 하일만 주장이 그랬음)  헉슬리의 가설을 깠다. 그래서 그는 새의 조상이 공룡이라는 설을 배제하고 공룡과 조류의 유사성은 수렴진화의 결과라고 주장했다.  대신 하일만은 새의 조상은 더욱 원시적인 파충류 집단인 조치류에서 발견될 것이라고 주장했다. 그리고 그의 가설은 40여년 동안 정설로 받아들여졌다.

참고로 1926년 이전에 공룡의 창사골이 발견되긴 했지만 식별이 제대로 이뤄지지 못하여 묻혔다. 


1960년대에 고생물학자 존 오스트롬은 새로운 수각류 공룡을 발견하고 데이노니쿠스라 명명 짓는다. 그는 시조새와 데이노니쿠스의 골격을 비교한 결과 시조새와 데이노니쿠스는 손목 골격이 유사하다는 걸 알아낸다.

한편 1970년대에 접어들자 영국의 고생물학자 엘릭 워커는 새들이 하일만이 주장한 대로 조치류에서 진화한 것이 아니라, 악어류로부터 진화했다는 가설을 1972년에 발표했다. 그러는 동안 오스트롬은 그동안 연구한 새와 수각류 공룡의 많은 유사성(100가지가 넘는다 ㅋㅋ)을 모아 제시하였고 새가 공룡으로부터 진화했다는 헉슬리의 가설을 부활시켰다. 이 가설은 이후 진화생물학자들과 고생물학자들에게 널리 받아들여지게 된다. 


요약: 

시조새가 발견되고 나서 헉슬리가 시조새와 공룡 골격이 유사하다면서

수각류->시조새->조류 이 순서대로 진화했다고 주장.

1926년에 하일만이 공룡에는 창사골이 없다면서

원시파충류->시조새->조류 이 순서대로 진화했다고 주장.

1970년대 이후 오스트롬이 시조새와 수각류 공룡의 골격의 유사성을 근거로

수각류->시조새->조류 이렇게 진화했다는 헉슬리의 가설을 부활시킴. 

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