5∼12년간 담수에서 성장하여 60cm 정도의 성어가 되면 산란을 하기 위해서 바다로 내려간다. 성어는 8∼10월경의 가을에 높은 수온과 염분도를 가진 심해로 들어가 산란을 한 뒤 죽는 것으로 알려져 있다.
부화된 새끼는 다시 담수로 올라오는데 그 시기는 지역에 따라 다르다. 제주도와 호남지방은 2~3월경부터 시작되고, 북쪽으로 갈수록 늦어져서 인천 근처는 5월경이 된다.
다른 장어류와 마찬가지로 뱀장어 또한 렙토세팔루스 시기를 거친다. 이후 담수로 올라올 즈음에는 일명 실뱀장어라 불리는 단계를 거치게 되며, 이때부터 성체를 닮아가기 시작하면서 몸도 점점 불투명해진다.