cd는 jupyter 등 ipython에서는 제대로 적용되지 않습니다. %나 ! 커맨드는 기본적으로 이전 입력을 기억하지 않고, 새로운 cmd창에 실행하고 결과값을 출력한다고 생각하셔야 합니다. 따라서 제대로 실행하시려면 모든걸 .sh파일에 입력하고 실행하거나, 환경 변수를 조정(os.chdir)해야 합니다.
정확히는 jupyter notebook(ipynb)를 bash 또는 bat(.sh/.bat)파일과 똑같이 생각하고 실행하시면 안됩니다. 매우 귀찮아지고 어려운 문제랑 마주하게 되실 겁니다.
path를 변수로 두고, os.path.absdir(), os.path.join()을 적절히 사용해서 실행하는게 맞는 방법입니다.