어느 날 하늘에서 운석이 떨어짐

이 운석을 연구하던 과학자들은 새로운 에너지원을 발견하고 이를 "에너지 큐브"형태로 정제하여 사용할 수 있게됨

에너지 큐브의 효율은 엄청나서 순식간에 원자력은 구식이 되어 밀려나게되고 인류의 과학은 폭발적으로 발달함

다만 과학의 발달이 일어나는 한편 자유진영인 "대양연방"과 공산진영인 "전진전선"의 군사적 갈등은 심화되어감

그때 "안제"라는 이름의 박사가 에너지 큐브를 다른 형태로 연구하던 중 함선소녀가 탄생하게 됨

이 함선소녀가 최초의 함선소녀이자 엔터프라이즈, 그리고 "코드G"라 불리는 인물임

코드G는 인간형태를 가졌지만 단신으로 주력항모 2척에 해당하는 무력을 보여줌

안제 박사는 이 함선소녀를 만들어내는 큐브를 "성정큐브"라 명명함

기존의 재래식 무기는 함선소녀의 앞에서 무용지물이 되었고 각국은 앞다투어 함선소녀를 만들어내기 시작함

"대양연방"과 "전진전선"도 예외는 아니었고 이들의 군사경쟁에는 함선소녀가 포함됨

하지만 안제 박사는 함선소녀들이 단순히 무기취급을 당하는 것을 바라지 않았고 그들이 하나의 인격체로서 인권을 인정받기를 바랬음

그 노력의 일환으로 "코드G"는 정식으로 유니온 해군으로 임관함

그리고 이쯤에 안제는 성정큐브적응력이 비정상적으로 높은 사람(지휘관)을 만나 조수로 삼음

이 사람은 함선소녀들의 군사학 선생님 역할을 맡게됨

그러나 어느날 유니온 해군의 대변인으로 일하고 있던 함선소녀 "본험리처드"가 폭주(메타화)하여 대치중이던 "대양연방"과 "전진전선"의 함대를 모두 쓸어버리고 사라지는 사건이 발생함

사람들의 함선소녀의 대한 시선은 믿음에서 공포로 바뀌게 됨

안제의 함선소녀에 대한 인권부여 노력은 물거품으로 돌아가게 되고, 함선소녀들은 철저한 군의 통제하에 놓이게 되고 일부 함선들은 구금됨

안제는 자신의 대학동기이자 에너지 큐브의 권위자인 "아오스타" 박사에게 부탁하여 만들어낸 메타화 방지 시스템을 모든 함선소녀에게 적용함

다만 이 시스템은 함선소녀의 힘을 제약하는 부작용이 있음

아오스타 박사는 에너지 큐브를 연구하며 에너지의 원천이 관측 불가능한 고차원 공간임을 알아냄

그리고 만약을 위해 안제 박사의 성정큐브 연구를 이용하여 고차원 존재(엑스)를 상대하기 위해 AI로봇 "안티엑스"를 만들어냄

그리고 어느날 미지의 존재 "엑스"가 나타남

엑스는 갑자기 나타나 인류를 공격하기 시작했고 인류는 속수무책으로 당할 수 밖에 없었음

유일하게 엑스에게 대항이 가능했던 함선소녀들은 전선에 계속되어 투입되었으나 대부분이 섬멸됨

대부분의 국가가 사라졌고 인류는 극소수만이 남음

살아남은 함선소녀들은 모여 자신들을 "횃불"이라 칭함

궁지에 몰린 인류는 철수를 계획

아오스타 박사는 인류의 미래를 안티엑스에게 맡기며 "옵저버 · 제로" 에게 "심판자 계획"의 발동을 명령하고 실종됨

안제는 롱 아일랜드 방어선에 혼자 남아 철수를 위한 시간을 벌기로 했으나 조수(지휘관)가 따라와 같이 도망칠 것을 권유

그리고 이후에 인류는 멸망함

하지만 안티엑스와 횃불, 그리고 어디에도 속하지 않은 함선소녀가 남았음

횃불은 이름을 "잔불"로 바꾸고 안티엑스가 시행할 "심판자 계획"에 합류함

"심판자 계획"이란 과거의 인류에게 강제로 시련을 부여하여 "엑스"를 이겨낼 힘을 가지게 하는 것

만약 실패한다면 그 세계를 처분하고, 다른 세계에서 반복하는 것임

문제는 이 과정에서 수없이 많은 세계의 인류가 멸망하고 함선소녀가 죽음

"잔불"은 이 비인간적인 계획에 의구심을 가지기 시작하고 안티엑스가 버그를 일으켰다고 판단, 안티엑스와 적대하기 시작함

"잔불"은 안티엑스가 처분한 세계에서 살아남은 함선소녀들에게 같이할 것을 권유하며 세력을 불림

이 심판자 계획이 계속 반복되었고, 지금에 다다름

안티엑스(세이렌)가 "특이점"이라고 부르는 지휘관이 존재하는 세계로

이후 스토리 요약은 https://arca.live/b/azurlane/64738123 이거 봐주면 됨