일단 허위공문서 작성이나 공문서 위조로 처벌하는건 어렵다고 보임. 주변 법조인분들한테 이래저래 물어보기도 했는데

대법원 2008도93 판례에 따르면
영등위의 경우에도 문서 작성 담당자가 공공기관 직원이지 공무원은 아니므로 허위공문서 작성 혐의가 인정되지 않았음.

이게 왜 그런가 했는데 기본적으로 문서죄에서 규정하는바에 따르면

공공기관의 문서는 공문서로 취급되고,
(->형법 225~227, 229~230조로 추려짐)
허위사실이 기록되어 있다고 해도 원본 공문서가 따로 있는 것이 아니라서 위조, 변조한 것이라고 보기 어려우며,
(->225, 230조 아웃)
공무원이 아닌 공공기관 임직원에 의해 작성되었고
(->227조 아웃)
자격모용, 간단히 사칭은 해당사항 없으며
(->226조 아웃)
정식으로 승인받아 행사됨(=부정행사로 보기 어려움)
(->229조 아웃)

나도 어처구니가 없어서 여기저기 물어봤는데 결론은 이거임. 현 시점에서 공공기관 임직원의 경우 공문서를 얼마나 개판으로 쓰든 고의로 사무를 방해하는 게 아닌 한 문서죄로는 처벌이 불가능함.

공공기관의 운영에 관한 법률 53조에 따르면 수뢰죄(청탁) 계통은 공무원처럼 처벌 가능한데 이 법을 개정해서 문서죄랑 그 외 자질구레한 공무 관련 법을 적용 가능하게 해야 할듯.