1. 정부와 서울시의 갈등

1990년대 초중반, 철도청과 서울특별시는 수도권 전철 운영을 가지고 알력다툼을 벌였음. 서울시는 8호선을 제외하면 제대로 된 광역전철노선을 가지지 못한 것에 불만이 많았음. 

그러다가 IMF가 터진 이후, 많은 사업을 가지고 힘을 키우는 것보다 적자폭을 최소화하는 것이 더 중요해지면서 역으로 철도청이 서울 3,4호선과 직결되는 안산선, 일산선, 과천선을 서울시에 넘길 테니, 1호선과 직결되는 종로산을 철도청에게 넘겨달란 맞바꿈 딜을 제안함. 

하지만 서울시는 ‘거기에 분당선까지 얹어주면 고려해드림‘ 이라는 대답으로 사실상 ’꺼져‘를 외침;

2. 서울시와 경기도의 갈등

현재진행형인 갈등으로, 서울시의 전철노선이 경기도로 확대되면서 서울시가 더이상 경기도 구간의 운행을 못 하겠다고 밝히며 불거진 갈등임. 

경기도 연장 구간 전철의 건설은 해당 경기도 지자체에서 맡지만, 열차 운행은 계속해서 서울교통공사가 맡음. 이로인해 서울시의 배차간격에 문제가 생기고 운영비용이나 기관사 피로문제가 발생하였음. 

서울시는 ‘이제부터 우리는 서울 안쪽까지만 운행할테니 그 이상부터는 평면환승을 통해 경기도가 운행하는 전철로 갈아타십쇼’라고 하는 중. 경기도는 ‘기초지자체가 전철을 어케 운영하냐’는 입장. 

반면 광역지자체인 인천시는 이를 받아들였고, 수도권 7호선 온수역 구간부터는 인천교통공사로 이관되었음.