이에 대하여 넥슨이 한국 기업이 아닌 일본 기업이라는 소문이 오갔는데, 창업주인 김정주 부부가 지주회사 NXC의 지분 절대 다수를 소유하고 있으며, NXC가 제주도에 본부를 두고 있으므로 NXC와 넥슨 코리아는 모두 한국 기업으로 분류된다. 물론 넥슨 코리아의 모기업인 넥슨(구 넥슨 재팬)은 당연히 일본 기업이다. 넥슨 그룹에 대한 국적 문제는 법률상의 '넥슨'과 사람들이 말하는 '넥슨'이 넥슨 재팬의 사명 변경으로 인해 서로 다른 기업을 뜻하게 되면서 발생한 해프닝에 가깝다. 문제는 넥슨이라는 그룹 전체를 통틀어서 국적을 따질 경우인데, 현재까지 공개된 정보에 의하면 최상위 기업인 NXC가 한국 기업이고, 전체적인 게임 개발 프로세스를 넥슨 코리아가 주도하고 있으므로 넥슨 그룹은 한국 기업이라고 봐도 무방하다고 할 수 있겠다.