수내동은 조선시대에는 광주군 돌마면 수내촌 지역이었는데, 1914년 행정 구역 개편 때 돌마면 수내리라 하였다. 1971년 경기도 성남출장소에 편입되고 1973년 성남시 수내동이 되었으며, 1975년 3월 돌마출장소에 편입되었다. 1989년 5월 성남시 구제(區制)의 실시에 따라 중원구에 편입된 후 1991년 9월 분당출장소가 분당구로 승격되면서 분당구 수내동이 되었다. 신도시 인구 증가에 따른 행정구역 개편으로 1992년 분당동에서 초림동이, 1993년 분당동에서 수내동과 내정동이 분동하고, 2000년 10월 초림동을 수내1동으로, 내정동을 수내2동으로, 수내동을 수내3동으로 행정동의 명칭을 변경을 하여 오늘에 이른다.