스타더스트 스트리트에서 스타단 본거지 부수자고 하는 애는 사실 이 사실을 알고 스타단을 해방시키려고 하는 애임.
처음부터 얼굴을 한번도 안 보여주고 전화로만 연락하다가 스토리 최종 보스인 교장 이기면 이벤트 컷씬이 나오면서 교장이 7번째 포켓몬 꺼내면서 주인공을 제거하려고 하는데 협력자가 직접 모습을 드러내서 도와줌.
그래서 주인공이랑 협력자 2대1로 교장 2페이즈 시작됨
사실 미라이돈/코라이돈은 개조된 직후에 제어장치가 착용되기 전에 탈출한 착한 개조 포켓몬이였다는 반전도 나옴.
레전드 루트에서 페퍼가 전설의 향식료로 음식 만들때마다 미라이돈/코라이돈이 그거 뺏어먹는데 알고보니까 그 전설의 향식료가 박사들이 퍼트린 포켓몬 개조하는 약물이였고 이미 개조된 포켓몬이였던 미라이돈/코라이돈 말고 다른 애들이 먹으면 박사들 부하가 되는거였움
챔피언 루트는 초반에는 평범하게 챔피언에 도전하는거같은데 점점 지날수록 체육관이랑 챔피언 리그가 거대한 기업의 수하에 지배당하고 있다는 사실이 들어남.
참고로 주인공 라이벌인 네모는 최연소 챔피언이고 네모 이후에는 챔피언이 탄생하지 않았으며 네모네 집은 뒷마당 해변에 전용 경기장을 가지고 있을정도로 부자임
레전드 루트, 스타더스트 스트리트, 챔피언 리그 3개 다 깨면 진엔딩 루트가 열리는데 여기에서 지금까지 쌓여있던 떡밥이 다 풀림.
박사님과 교장선생님은 친구관계였는데 연구에 사용하던 Ai가 갑자기 폭주해서 연구실을 강탈함. 그 과정중에 진짜 박사는 개조당해서 미라이돈/코라이돈으로 변하고 교장선생님은 정신을 조종당하게 됨.
그리고 그 Ai를 지배하고있는건 대기업의 힘을 마음대로 휘두르는 네모였음. 초반에 밝고 활기찬 라이벌의 모습은 페이크고 진 최종보스임.
Ai를 쓰러트리면 자폭을 시전하는데 그걸 막기위해 미라이돈(진짜 박사)이 희생하게 되고 탈출하는동안 라이딩을 못하게됨.
그 다음에 네모가 박사로써의 기억을 완전히 잃은 미라이돈을 사용해서 덤비는데 여기서 이기면 미라이돈을 잡을수 있고 다시 라이딩을 할수 있게됨