또한 대규모 전쟁영화임에도 국방부 지원을 거의 받지 못했는데, <태극기 휘날리며> 메이킹 북에 그 이유가 서술되어 있다. 감독은 '전쟁영화이기에 국방부 지원을 받아야 한다'고 생각했으나 7개월 간의 접촉 끝에 결국 무산됐다고 한다. 대한민국 육군 측에서 수십 군데에 달하는 시나리오 수정 요구가 있었고, 제작진은 본질을 훼손하면서 영화를 제작할 마음이 없었다고 한다. 특히 강제규와 국방부가 가장 치열하게 논쟁을 벌인 부분이 이 영화 극초반에 나온다. 아직 고등학생이었던 진석을 군인들이 나이를 물어보고, 진석이 "18살입니다"라고 답하자 "앞으로 나오라"고 얘기한다. 이에 진태가 진석을 데리러 갔지만 둘 다 징병 대상이라며 육군 대위와 헌병들이 열차에서 못 내리게 막는다. 진태와 진석은 저항했지만 결국 잡혀서 같이 강제로 입대하는 묘사다. 국방부는 제작지원을 받으려면 진태와 진석이 자원입대 하는 것으로 수정하라고 요구했으나 강제규는 자신의 설정을 고집했다.[24] 다만, 고증적으로는 문제가 없어도 해당 부분을 수정하면 영화 설정에 문제가 생기는 건 사실이었다. 영화 시놉시스부터가 형제가 강제징병되어서, 형이 동생만이라도 어떻게든 다시 멀쩡히 제대시키기 위해 열심히 싸운다는 건데, 이걸 자원입대하는 걸로 바꿨다면 영화 전체의 줄거리를 모조리 뜯어고쳐야 했을 거다. - 꺼뮤-