다음은 음모론에서 케네디 암살의 주체로 거론되는 것들이다.
- 연방준비제도 및 유대계 금융자본세력: 중국계 경제학자가 저술하여 이슈화되었던 ≪화폐전쟁≫라는 책에서 언급된 것으로, 비단 케네디뿐만 아니라 미국에서 암살당한 대통령 모두 미국의 화폐제도와 금융체제 등을 대대적으로 손질하려 했다는 공통점을 토대로 추론하였다. 다만 서문에서 '전부 사실이라는 점은 아니며 일정 부분은 픽션이다'라고 서술했을 정도로 모두 가설이라는 점을 참고할 것. 이 부분에 대한 내용은 유대인 배후자본설 항목 참조.
- 린든 B. 존슨 부통령: 무엇보다 표면적으로는 이 사건으로 가장 큰 직접적 이득을 본 인물이라는 점만으로 용의자 후보에 오르내린다.
- 리처드 닉슨: 닉슨은 합격했는데도 금전적 사정으로 입학하지 못한 하버드 대학교를 케네디는 공부를 못하면서도 총장과 절친했던 아버지의 입김으로 들어간 경험 때문에 케네디를 상당히 경멸했으며 1960년 미국 대선에서 이 둘이 서로 맞붙은 전력이 있다. 자신이 그렇게 경멸했던 라이벌이 자신을 제치고 차기 대통령이 됐으니 닉슨이 케네디를 죽이고 싶었을 것이라는 생각도 든다.
- 시크릿 서비스 요원의 실수: 신참 경호원 조지 히키 주니어가 오즈월드의 총성에 놀라 써본 적 없는 AR-15로 오발 사고를 냈다는 음모론.[19] 히키는 당시 케네디가 탄 차 바로 뒤를 따라가고 있었고, 케네디의 두개골 내에서 발견된 총탄 조각이 오즈월드가 쏜 총의 6.5mm탄보다 5.56mm에 가깝다는 것 등을 들어 주장되고 있다. 해당 저서 내용을 기반으로 다큐멘터리가 제작되기도 했다. 다큐멘터리의 재현 CG부분(2분 55초부터) 참고. 당사자인 조지 히키 주니어는 세인트 마틴 출판사에 소송을 걸었고, 1998년에 모종의 조건으로 합의를 하였다고 한다.
- 잭 루비: 사실은 잭 루비가 진범이며, 오즈월드를 시켜 범행을 실행했는데 암살 후 오즈월드가 범행 동기나 공범 여부 등에 대해 모두 자백할 것이 두려워 오즈월드까지 살해했다는 음모론.
- 외계인 및 그 협력자: 엑스파일 같은 대중문화 작품에서 종종 나오는 음모론으로, 미국 정부에 지구 정복을 노리는 외계인과 손을 잡은 고위층들이 케네디가 이를 폭로하고 외계인을 축출하려 하자 암살했다는 음모론이다. 이 음모론에서는 아폴로 계획도 케네디가 달에 있는 외계인 기지를 전 세계에 공개하여 외계인을 축출하는 지구인의 봉기를 일으키려 한 것을 음모자들이 케네디를 암살한 후 진짜 달에 안가고 가짜 달착륙 영상을 만들었다고 주장한다. 이터널시티에서도 여태까지 은폐하던 외계인의 존재를 밝혀내려던 케네디가 외계인 게스트들의 사주로 암살당했다는 설정이 있다.
