모건은 초파리 교배 실험을 통해 초파리의 눈 색깔이 성과 연관되어 있다고 결론지은 것을 계기로 그 전까지 밝혀지지 못했던 우마무스메 결정인자 또한 성염색체에 연관되어 있다고 도출하였으나, 우마무스메의 근원종이 약 20만 년 전 모두 멸종됨에 따라 우마무스메 발생에 대한 연구는 제한되었다. 

하지만 DNA 전기영동, 웨스턴 블로팅 등 여러 분자생물학적 실험기법들이 고안됨에 따라 우마무스메 발생학에 대한 연구는 속도를 붙여 나갔다. 

1999년 S.Air가 우마무스메 X 염색체의 유전체 지도를 완성하고, 2002년 T.Agnes가 우마무스메 난자에서 UIF(Umamusme Inducing Factor)를 분리에 성공하며 우마무스메 발생에 대한 다음 모델을 제안했다.

다음 그림은 우마무스메/히토미미 결정 경로를 개시하는 단계의 간략한 설명이다. 

우마무스메 여성은 난자에 UIF를 축적하는데, 이것이 X염색체의 URX(Umamusme Determining Region on X)의 우마무스메 특이적 유전자(uma)을 활성화 시키는 인자로 작용하는 것으로 보인다. 

또한 UIF는 Ph보다 Pu에 대해 약 10,000배 정도 높은 친화성을 보이는데,  난자가 수정되어 접합자 uma+/uma-을 형성하면 UIF는 프로모터 Pu에 결합해 uma의 전사를 촉진한다. uma는 UMA 단백질을 암호화하는데, 이것은 히토미미 특이적 유전자(hit)의 억제인자로 작용한다. 

그리고 UMA는 uma의 활성인자로도 작용할 뿐 아니라, 우마무스메 결정 경로(Umamusme Deciding Pathway)를 활성화시키는 개시인자로도 작용한다. 

한편, 난자가 수정되었을 때, uma-/uma-를 형성하였다면, UIF는 프로모터 Ph에 결합하여 hit의 전사를 촉진하고,

hit산물인 HIT는 히토미미 결정 경로(Hitomimi Deciding Pathway)를 활성화시켜 히토미미 특이적 형질을 나타내게 된다. 

여기서 주목해야 할 것은, 우마무스메 어머니를 둔 히토미미 남성에게는 우마무스메 결정 인자가 존재하지 않는다는 것인데, 아직 정확한 기전은 알려지지 않았으나 이는 uma가 남성에서는 치사적으로 작용하기 때문이다. 

같은 이유로 uma+/uma-/y 형의 배아 또한 발생 단계에서 사멸된다.

따라서 남성은 오직 uma-/y형의 유전자만을 가지고 있으며, 우마무스메는 uma+/uma-형만을 보이게 된다. 

이러한 결정 과정은 초기 배아 발생 단계에서부터 나타나며 결과적으로 우마무스메 특이적인 귀, 꼬리 등과 더불어 우마무스메 특이적 미토콘드리아인 우마무스콘드리아, 더 큰 폐 용적, 높은 근 밀도를 보이게 된다. 

참고)

D.Agnes, 『Umamusme Development 7th edition』, Mejiro hill Education, p225~230

S.Air , "X chromosomal gene sequence", The Science vol.286 issue 5441, p153