원래 코모로는 마요트를 포함한 4개의 섬으로 독립하려 했다. 그러나 마요트 섬만 독립에 반대하는 사람이 압도적으로 많아 프랑스령으로 계속 남게 되었다.(1974년 63.2% 반대, 1976년 99.4% 반대) 그러나 코모로는 마요트 섬의 영유권을 강력히 주장하고 있어서 센카쿠 열도(중국명 댜오위다오)나 포클랜드 제도처럼 영유권을 놓고 국가간 분쟁이 일어나고 있는 섬들 중 하나이다. 아예 코모로 국기에서부터 독립 이래 별 4개를 박아 넣으며 마요트를 코모로의 일부라고 주장하고 있다. 하지만 마요트인들은 코모로보다 경제가 훨씬 좋기 때문에 코모로와의 합병을 원하지 않는다. 또한 코모로는 2009년 마요트 주민투표에서 프랑스의 101번째 데파르트망(주 혹은 도)으로 승격하는 데 찬성 95.22%를 얻어, 2011년 3월 31일을 기해 프랑스의 101번째 데파르트망으로 정식 편입되었다. 따라서 코모로가 마요트를 얻기는 더욱 어려울 것으로 보인다